財政部於113年11月1日台財稅字第11304553700號令發布新函令，關於所得稅法第39條第1項但書盈虧互抵規定如期申報之要件。規定如下：

(一)依所得稅法第71條第1項、第75條第1項與第2項及第76條第1項規定，營利事業應於每年所得稅結算申報期限內，遇有解散、廢止、合併或轉讓情事時，應於當期決算申報或清算申報期限內，依規定辦理相關所得稅申報，計算其應納稅額，於申報前自行繳納，並檢附自繳稅款繳款書收據依限辦理所得稅申報。爰營利事業使用藍色申報書或委託會計師查核簽證，應依上開各規定於法定申報期間內自行繳納應納稅額，並辦理所得稅申報，始符合所得稅法第39條第1項但書盈虧互抵規定「如期申報」要件。

(二)營利事業逾期繳納上開申報應自行繳納稅額，惟未符合稅捐稽徵法第20條第1項應加徵滯納金規定者，得視為情節輕微，仍符合「如期申報」及「使用藍色申報書或經會計師查核簽證」要件可依所得稅法第39條第1項但書規定適用盈虧互抵。

(三)本令發布時，尚未核課確定案件，得適用本令規定。

簡言之，若營利事業符合「如期申報」及「使用藍色申報書或經會計師查核簽證」要件，雖然逾期繳納申報應自行繳納稅額，但屬於自動補繳、未予加徵滯納金，視為情節輕微，仍得申請盈虧互抵；若被加徵滯報金或滯納金，則不符合盈虧抵要件。

• 「申報 VS. 繳納」是兩個不同的行為，分別有「滯報金」VS.「滯納金」之處罰。依此財政部解釋函令，似乎誤將「如期申報」VS.「如期繳納」混為一談了。若所得稅法第39條規範之條件為「如期申報並繳納」，則「如期申報」，「逾期繳納，但於未予加徵滯納金之際，自動補繳稅款」，方得視為情節輕微。而當今之所得稅法第39條只規範「如期申報」，財政部卻跳出來說未予加徵「滯納金(未如期繳納)」者云云…，殊不知此為兩碼事。不禁令人質疑財政部函令用字不夠精準，陷入稅法滯報金、滯納金之邏輯矛盾之缺陷。
• 所得稅法第67條第3項試算暫繳之條件：公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期辦理暫繳申報者，得以當年度前六個月之營業收入總額，依本法有關營利事業所得稅之規定，試算其前半年之營利事業所得額，按當年度稅率，計算其暫繳稅額。 試算暫繳之要件跟上述盈虧互抵條件相同，但該函令卻只放寬所得稅法第39條第1項但書盈虧互抵規定如期申報之要件。兩者條件相同，試算暫繳卻未比照放寬「如期申報」之認定，不知是主管機關於制定解釋函於時有所遺漏？或者是另有不比照辦理的理由？有待主管機關明示。